Pemohon atau pasangan nomor urut tiga menduga terjadi rekayasa oleh KPU Kabupaten Intan Jaya atas hasil penghitungan suara tersebut. Surat Keputusan KPU Intan Jaya Nomor: 16/Kpts/KPU-IJ/IV/2017 yang membatalkan Surat Keputusan KPU Intan Jaya Nomor: 14/Kpts/KPU-IJ/IV/2017 menunjukkan perubahan hasil penghitungan suara pada salah satu pasangan calon.
Perubahan itu terjadi pada hasil penghitungan pasangan calon Natalis Tabuni-Yann Robert. Sebelum penetapan pembatalan surat keputusan, pasangan tersebut memperoleh suara sebanyak 34.720. Namun, setelah adanya surat keputusan penetapan hasil rekapitulasi selanjutnya, jumlah suara pasangan Natalis-Yann berkurang menjadi 31.476. Sementara jumlah suara ketiga pasangan lain tetap, masing-masing Bartolomius-Deny 8.636 suara, Yulius-Yunus 33.958 suara, dan Thobias-Hermaus 1.928 suara.
Setelah dilakukan PSU di tujuh TPS, perolehan suara menjadi:
1. Pasangan nomor urut 1 6.167 suara
2. Pasangan nomor urut 2 34.395 suara