Proklamasi PRRI ternyata mendapat dukungan dari Indonesia bagian Timur. Gerakannya dikenal dengan Perjuangan Rakyat Semesta (Permesta). Permesta dideklarasikan oleh pemimpin sipil dan militer Indonesia bagian timur pada 2 Maret 1957 yaitu oleh Letkol Ventje Sumual.
Gerakan ini jelas melawan pemerintah pusat dan menentang tentara sehingga harus ditumpas. Untuk menumpas gerakan Permesta, pemerintah melakuakan operasi militer beberapa kali.
3. Pemberontakan PRRI
Pemerintahan Revolusioner Republik Indonesia atau PRRI tercipta sebagai buah dari protes masyarakat daerah yang merasakan ketidakadilan pemerintah pusat. Daerah kecewa terhadap pemerintah pusat yang dianggap tidak adil dalam alokasi dana pembangunan.
Kekecewaan tersebut diwujudkan dengan pembentukan dewan-dewan daerah seperti Dewan Manguni di Sulawesi Utara yang dipimpin oleh Kolonel Ventje Sumual, Dewan Garuda di Sumatra Selatan yang dipimpin oleh Letkol Barlian, Dewan Gajah di Sumatra Utara yang dipimpin oleh Kolonel Maludin Simbolan, Dewan Banteng di Sumatra Barat yang dipimpin oleh Letkol Ahmad Husein.
4. Pemberontakan PKI di Madiun
Pada tanggal 18 September 1948, Musso memproklamasikan berdirinya pemerintahan Soviet di Indonesia. Tujuannya untuk meruntuhkan Republik Indonesia yang berdasarkan Pancasila dan menggantinya dengan negara komunis. Pada waktu yang bersamaan, gerakan PKI dapat merebut tempat-tempat penting di Madiun.