Setelah Indonesia mendapat pengakuan kedaulatan, ia sering berpindah tugas. Pertama-tama ia ditugaskan sebagai Kepala Staf Tentara dan Teritorial (T&T) IV/ Diponegoro di Semarang. Dari Semarang ia kemudian ditarik ke Jakarta menjadi Staf Angkatan Darat, kemudian ke Kementerian Pertahanan. Dan setelah pemberontakan PRRI/Permesta padam, ia diangkat menjadi Deputy Kepala Staf Angkatan Darat untuk wilayah Sumatera yang bermarkas di Medan. Selama di Medan tugasnya sangat berat sebab harus menjaga agar pemberontakan seperti sebelumnya tidak terulang lagi.
Seperti yang dituturkan dalam buku ‘Tujuh Prajurit TNI Gugur: 1 Oktober 1965’, putri sulung Jenderal Soeprapto, Ratna Purwati, pernah ditanyakan hal yang menyayat kalbu dari ayahnya di ruang kerja jenderal kelahiran Purwokerto, 20 Juni 1920 itu.
“Kamu sedih tidak, kalau bapak meninggal dunia?,” tanya Jenderal Suprapto yang langsung dijawab Ratna, “Bapak ngomong apa, sih?,”.
Hal ganjil lainnya yang terjadi pada 30 September malam, adalah ketika salah satu wakil Menpangad Letjen TNI Ahmad Yani itu pulang dari kantornya dengan membawa sejumlah buku baru. Padahal sehari sebelumnya, sang jenderal sudah melakukan hal yang sama.
Letjen Suprapto pada malam itu juga sedikitnya begadang menunggu salah satu putrinya, Sri Lestari yang tak kunjung pulang hingga jam 24.00. Sri kala itu terlambat pulang dari kawasan Harmoni, untuk penerimaan piala lomba lari.
Pada saat itulah keluarga sang jenderal melihat ayah mereka untuk kali terakhir dalam keadaan sehat. Pasalnya pada 1 Oktober sekira pukul 04.00 pagi, Letjen Suprapto turut diculik gerombolan berseragam tentara dengan baret Tjakrabirawa.