Kendati demikian, JK memastikan bahwa pemerintah tidak melepas tanggung jawab dalam hal penyelesaian kasus-kasus HAM. Oleh karenanya, JK menekankan, rekomendasi Komnas HAM menjadi sangat penting.
"Tidak berarti (pemerintah) melepaskan tanggng jawab tapi kita juga mengetahui itu bukan hal yang mudah. Tapi kalau bersama-sama, saya yakin itu lebih baik dibanding pemerintah sendirian. Itu peran Komnas HAM sendiri sangat penting," ucap JK.
Setidaknya, ada delapan rekomendasi yang diberikan Komnas HAM pada Wapres JK. Diantaranya, memastikan kepada Jaksa Agung untuk menggunakan kewenangannya untuk melakukan penyidikan atas 10 berkas yang telah diselesaikan oleh Komnas HAM.
Kedua, Presiden dapat menggunakan ketentuan Pasal 47 UU Nomor 26 Tahun 2000 tentang penyelesaian melalui komisi kebenaran dan rekonsiliasi yang dibentuk berdasar UU.
Ketiga, meminta Presiden memastikan konsistensi sikap konsep dan pelaksanaan reforma agraria di Indonesia, sesuai dengan Tap MPR Nomor 9/MPR RI/2001 tentang Pembaruan Agraria tentang Pengelolaan SDA.
Keempat, meminta Presiden juga memastikan adanya alternatif penyelesaian konflik agraria, langsung dikendalikan oleh presiden yang bersifat lompre dan berdasar pada prinsip penghormatan perlindungan dan pemenuhan HAM dan Tap MPR no 9/MPR RI/2001 tentang Pembaruan Agraria tentang SDA.