Protes 2019 juga memicu seruan untuk merdeka dari Indonesia. Separatis Papua telah mendorong kemerdekaan selama beberapa dekade, mengatakan pemungutan suara yang diawasi oleh Perserikatan Bangsa-Bangsa tahun 1969 yang membawa wilayah itu di bawah kendali Indonesia adalah tidak sah. Indonesia menolak klaim tersebut.
Menteri koordinator Politik, Hukum dan Keamanan Indonesia, Mahfud MD atas nama Pemerintah Indonesia telah mengumumkan bahwa separatis bersenjata Papua secara hukum ditetapkan sebagai "teroris", dan dituntut berdasarkan undang-undang kontraterorisme.
Pemerintah Indonesia telah melakukan langkah - langkah untuk menjaga kedaulatan NKRI untuk menindak tegas dan terukur terhadap kelompok teroris bersenjata yang kerap mengklaim diri sebagai TPNPB, sayap militer Organisasi Papua Merdeka.
Saat ini, pasukan keamanan Indonesia terus memburu para kelompok teroris tersebut yang berperang dengan taktik perang gerilya di hutan-hutan belantara Papua, provinsi paling timur di Indonesia.
(Arief Setyadi )