Kartosoewirjo menjalani persidangan 14-16 Agustus 1962. Ia didakwa memimpin dan mengatur penyerangan, hendak merobohkan pemerintahan RI yang sah, dan membunuh presiden. Setelah diberi kesempatan bertemu dengan keluarganya, termasuk berfoto bersama, Kartosoewirjo akhirnya menjalani eksekusi hukuman mati dengan cara ditembak.
Kendati demikian, dalam catatannya, Bung Karno tetap mengenang Kartosoewirjo sebagai sosok yang pernah menjadi kawan baik. Seorang kawan yang di tahun 1918 pernah saling bahu-membahu bersama HOS Tjokroaminoto, demi kejayaan tanah air.
Pada tahun 1920-an di Bandung, Bung Karno juga menyatakan pernah tinggal dan makan bersama Kartosoewirjo. “Bahkan mimpi bersama-sama. Akan tetapi ketika aku bergerak dengan landasan kebangsaan, ia berjuang semata-mata menurut azas agama Islam,” kata Bung Karno seperti tertulis dalam buku “Kesaksian Wakil Komandan Tjakrabirawa Dari Revolusi 45 Sampai Kudeta 66”.
(Awaludin)