Berikut penyelenggaraan fungsi dari Badan Pengarah Papua
Pasal 4
a. pemberian arah kebijakan umum pelaksanaan Otonomi Khusus dan percepatan pembangunan di wilayah Papua;
b. sinkronisasi, harmonisasi, dan koordinasi serta pemberian arahan pembinaan, pengawasan, evaluasi, pelaporan dan
pertanggungjawaban terhadap pengelolaan perencanaan, penganggaran, pendanaan, penerimaan, dan penyelenggaraan pemerintahan dalam rangka Otonomi Khusus
dan percepatan pembangunan Provinsi Papua yang dilaksanakan oleh kementerian/lembaga dan pemerintah daerah Provinsi Papua;
c. pemberian pertimbangan, arahan, dan rekomendasi penyelesaian permasalahan dan isu strategis pelaksanaan Otonomi Khusus dan percepatan pembangunan di wilayah Papua;
d. pengendalian penyelenggaraan Otonomi Khusus dan percepatan pembangunan di wilayah Papua dengan berpedoman pada Rencana Induk Percepatan Pembangunan Papua dan Rencana Aksi Percepatan
Pembangunan Papua untuk jangka menengah;
e. penyampaian pelaporan pelaksanaan Otonomi Khusus dan percepatan pembangunan di wilayah Papua kepada
Presiden;
f. dan pelaksanaan fungsi lain yang diberikan oleh Presiden.
Dalam susunan organisasi, Badan Pengarah Papua diketuai oleh Wakil Presiden. Dengan anggota yakni menteri yang menyelenggarakan urusan pemerintahan dalam negeri.
Lalu, menteri yang menyelenggarakan urusan pemerintahan di bidang perencanaan pembangunan nasional; serta menteri yang menyelenggarakan urusan pemerintahan di bidang keuangan negara.
Dan satu orang perwakilan dari setiap provinsi di Provinsi Papua.