Namun setelah kandidat di atasnya terpilih sebagai duta besar, ia pun menggantikan posisi tersebut dan duduk di bangku DPR RI Komisi IV. Kegigihan dan keberanian untuk bersuara menjadikan reputasinya meningkat di kancah politik.
Pria yang dulunya bersekolah di SD dan SMP Kutoarjo Jawa Tengah dan menghabiskan masa SMA di BOPKRI Yogyakarta ini dinilai sebagai politikus yang berprinsip.
Ganjar pun terpilih lagi dalam pemilu tahun 2009 dan dipercaya menduduki jabatan Wakil Ketua Komisi II untuk urusan dalam negeri hingga 2014 nanti, serta panitia angket pengusutan kasus Bank Century.