Tapi KRIS justru lebih “dikuasai” golongan Mihanasa-Manado dan membuat perannya sebagai sekretaris terkucilkan, sampai memutuskan keluar dari KRIS.
Terlepas dari hal itu setelah tuntutannya ditolak Soekarno, Kahar membentuk brigadenya sendiri. Pada 7 Februari 1953, Kahar memutuskan bergabung dengan Darul Islam/Tentara Islam Indonesia (DI/TII) pimpinan Sekarmadji Maridjan Kartosuwiryo.
Gerakan pasukannya yang berkekuatan sekitar 15 ribu pengikut, mengatasnamakan agama dan sepak terjangnya lebih kepada melancarkan teror kaum aristokrat dan para bangsawan yang bertentangan dengannya.
Selain itu, muncul pemberontakan lain di Sulawesi, Perdjuangan Rakjat Semesta (Permesta). Di sisi lain, pemberontakan Kahar justru juga mulai melemah akibat digembosi dari dalam sejak 1957.
Pergerakan pasukan Kahar mulai tak mendapat aliran suplai dari Andi Selle, pensiunan APRI. Seperti disadur dari buku ‘Tragedi Patriot dan Pemberontak Kahar Muzakkar”, Andi Selle dipengaruhi Pangdam XIV/Hasanuddin, Kolonel Muhammad Jusuf, untuk tak lagi ikut campur dalam penyaluran suplai pasukan Kahar.
Jusuf juga berkehendak berunding dengan Kahar untuk menyelesaikan konflik. Tapi di tengah jalan, pemberontak simpatisan Andi Selle malah menembaki mobil Jusuf.
Beruntung, Jusuf selamat dan di hari berikutnya, Jusuf melayangkan laporan kepada Kepala Staf Angkatan Darat (KSAD), Letnan Jenderal Achmad Jani dan Presiden Soekarno, bahwa perundingan tak dibutuhkan lagi.