Lanud ini membawahi Wing Udara 6 Tempur dengan dua Skadron Udara, yaitu Skadron Udara 12 yang mengoperasikan pesawat tempur Hawk 109/209 dan Skadron Udara 16 yang mengoperasikan pesawat tempur F-16 C/D 52 ID, serta Skadron Teknik 043.
3. Lanud Iswahjudi, Madiun
Lanud Iswahjudi, Bandara Iswahjudi, atau Lapangan Udara Iswahjudi adalah Pangkalan TNI Angkatan Udara yang terletak di Magetan, Jawa Timur, kurang lebih berjarak 11 Km dari Madiun dan 23 Km dari Ngawi. Lanud ini berada dibawah pimpinan Marsma TNI Mochammad Untung Suropati dan saat ini memiliki sebanyak 3.000 anggota.
Lanud ini membawahi Wing Udara 3 Tempur dengan tiga Skadron udara, yaitu Skadron Udara 3 dengan pesawat tempur F-16 Fighting Falcon A/B, Skadron Udara 14 dengan pesawat tempur F-5E/F Tiger II (di“Grounded”), dan Skadron Udara 15 dengan pesawat tempur T-50 Golden Eagle.
4. Lanud Halim Perdanakusuma, Jakarta
Lanud Halim Perdanakusuma atau Bandar Udara Internasional Halim Perdanakusuma yang terletak di Jakarta, Indonesia. Bandar udara ini termasuk pangkalan udara tipe A dan digunakan sebagai markas Koopsau I. Sebelumnya, Lanud ini bernama Lapangan Terbang Cililitan.
Lanud ini membawahi Wing Udara 1 yang bertugas menyelenggarakan pembinaan taktis dalam rangka kesiapan operasi awak pesawat Skadron Udara yang berada dalam jajarannya, yaitu Skadron Udara 31 sebagai angkut berat, Skadron Udara 2 sebagai angkut ringan, dan Skadron Udara 17 sebagai angkut VIP dan VVIP, dan Skadron Udara 45 Skadron angkut khusus VIP/VVIP.