Syekh Siti Jenar dianggap menyebarkan ajaran sesat karena menganggap dirinya adalah jelmaan Tuhan sesuai ajarannya Manunggaling Kawula Gusti. Ajaran tersebut merupakan pemahaman tingkat 'tinggi' terhadap Ilmu ke-Tuhanan, yang bisa menyesatkan bagi pemeluk agama Islam lainnya.
Perbedaan pemahaman itulah yang membuat Wali Songo dan Syekh Siti Jenar akrinya tidak sejalan. Karena itu pula, dalam sejumlah kisah diceritakan, Wali Songo yang marah lantas menghukum Siti Jenar, di mana Ja’far Shadiq atau Sunan Kudus ditunjuk sebagai eksekutornya.
Berikut berbagai versi kematian Syekh Siti Jenar yang berkembang di masyarakat Jawa.
1. Dihukum mati Wali Songo
Berdasarkan Serat Siti Jenar (1917), Babad Purwaredja dan Serat Niti Mani, penyebab dijatuhkannya hukuman mati karena ajaran Siti Jenar dianggap menyesatkan. Untuk menghabisi Siti Jenar, Carita Purwaka Caruban Nagari menyebut, Sunan Kudus menggunakan keris pusaka Kanthanaga.
Pusaka itu milik Susuhunan Jati Purba atau Syekh Datuk Kahfi atau Sunan Gunung Jati yang dipinjam Sunan Kudus. Pembunuhan yang berlangsung tahun 1505 Masehi dilakukan di dalam masjid Sang Cipta Rasa. Jasad Siti Jenar dimakamkan di mandala Anggaraksa, wilayah Cirebon.
2. Dihukum mati bukan karena ajaran sesat
Bagi Wali Songo, kesalahan Siti Jenar adalah mengajarkan manunggaling kawula gusti kepada masyarakat umum secara terbuka. Karenanya dia harus dijatuhi hukuman mati.