Saudaranya, yakni Bupati Lumajang Kartanagara meninggal dunia dan dimakamkan di sebuah tempat selatan Gunung Semeru. Pasukan Belanda dengan mudah menguasai Malang. Kota Malang nyaris dalam kondisi kosong saat pasukan Kompeni tiba. Sementara Malayakusuma bersembunyi di Wulu Laras.
Di tempat yang tidak jauh dari Malang itu ia berharap bisa bergabung dengan pasukan Pangeran Singasari dan Raden Mas, putranya. Kekuatan pasukan yang tidak seimbang membuat kekuatan kolaborasi keturunan Surapati dan Pangeran Singasari kocar kacir. Mereka lari dikejar-kejar.
Sebanyak 186 prajurit Eropa, 500 Madura dan 1.600 prajurit Surabaya, Bangil dan Pasuruan dikerahkan Kapten Casper Ledowijk Tropponegro untuk memburu mereka.
Pertempuran pecah di Rajegwesi (Sekarang Bojonegoro) yang membuat Raden Mas, putra Pangeran Singasari terpaksa harus keluar dari Rajegwesi.
Bersama Pangeran Singasari, ayahnya Raden Mas bergeser ke wilayah selatan. Mereka berada di Samperak, utara Lodalem dan bergabung dengan pemberontak lain. Mereka berencana kembali ke Malang. Sementara Malayakusuma dan Tirtanagara berada di Sambi Geger, barat daya Samperak.
Belanda mengerahkan seluruh kekuatan dan sekutunya untuk mengepung dari segala sisi. Dari Srengat pasukan koalisi Belanda menuju Blitar, berlanjut ke Selagurit untuk langsung menyerang lawan yang dalam posisi terjepit. Dari Kediri, Bupati Kediri juga menyiapkan pasukan, ikut memperkuat Belanda.
Belum lagi tambahan pasukan dari Raja Mataram. Pertempuran antara Belanda dengan koalisi keturunan Surapati dan Pangeran Singasari beserta Raden Mas anaknya, berlangsung hampir satu tahun. Pada 16 Juli 1768, Pangeran Singasari atau Parabujaka menyerah di Dapat, tenggara Lodalem, Kabupaten Malang.
Pengeran asal Mataram yang menolak pembagian kerajaan itu ditangkap bersama istri, dua anak perempuan dan anak laki lakinya yang masih kecil. Semua dibawa ke Semarang dan tiba 5 Agustus 1768. Sementara Raden Mas, putranya yang besar berhasil melarikan diri bersama Tirtanagara.
30 hari setelah ayahnya ditangkap, Raden Mas yang terluka parah terkepung prajurit Kompeni di daerah Rawa (Sekarang Tulungagung). Ia memilih menyerahkan diri kepada prajurit Sultan Mataram dan langsung digelandang ke Yogyakarta. Belanda membawa Raden Mas ke Semarang untuk dijebloskan ke penjara.
Sementara Pangeran Singasari, ayahnya diekstradisi ke Batavia. Singasari atau Prabujaka dibawa bersama dua anak perempuannya serta seorang putra remajanya. Dengan tertangkapnya Pangeran Singasari dan putranya (Raden Mas), pengejaran Belanda terfokus kepada Bupati Malang Malayakusuma.
Perburuan dilakukan di sepanjang pesisir selatan. Sebab melalui telik sandi Belanda mendapat kabar cucu Surapati tersebut hendak menuju Blambangan (Sekarang Banyuwangi). Malayakusuma bersama keluarganya yang sebagian besar wanita dan anak-anak terkepung di Sabak, dekat Lodalem. Malayakusuma menyerah dan digelandang menuju Malang.
Di saat beristirahat di pinggir pantai. Malayakusuma tiba tiba merebut sebatang tombak dan menusuk Kopral Smid Van Stam hingga tewas. Melihat itu, seorang pelayan prajurit Belanda sontak mencabut sebilah keris. Malayakusuma langsung ditikamnya. Cucu Surapati tersebut tewas seketika.