Ketika Mataram yang bercorak Islam menyerbu Blambangan, Kerajaan Gelgel segera membantu Blambangan untuk menghadapi pendudukan Mataram Islam itu. Namun pada akhirnya, Blambangan menyerah pada tahun 1639, tetapi dengan cepat mendapatkan kembali kemerdekaannya, dan bergabung kembali dengan Bali segera setelah pasukan Mataram menarik diri.
Setelah tahun 1651, Kerajaan Gelgel mulai terpecah disebabkan oleh konflik internal. Pada tahun 1686, sebagai akibat perpecahan ini, kerajaan baru berhasil didirikan di Klungkung, empat kilometer utara Gelgel, cukup dekat.
Akan tetapi para penguasa Klungkung, yang dikenal dengan sebutan Dewa Agung, ternyata tidak mampu mempertahankan kekuasaan atas Bali. Pulau Bali kemudian terbagi menjadi sembilan kerajaan kecil: Klungkung, Buleleng, Karangasem, Mengwi, Badung, Tabanan, Gianyar, Bangli dan Jembrana.
(Awaludin)