Adapun rekomendasi juga meminta fungsi penyidikan kepolisian tetap terjamin independensinya dengan tetap memberlakukan prinsip otonomi terbatas.
Lebih dalam, terkait dengan RUU KUHAP ini diharapkan selalu dikedepankan proses transparansi. Tujuanya adalah untuk mempermuda seluruh lapisan masyarakat untuk mengakses sekaligus memantau hal tersebut.
Perbaikan RUU KUHAP juga sebaiknya tetap mempertahankan fungsi-fungsi penyidikan Polri sebagaimana yang telah berlangsung lama dalam praktik di mana fungsi penyidikan untuk tindak pidana umum sebagai kewenangan mutlak Polri.
Dalam rekomendasi tersebut, Amir berharap akan terciptanya aturan untuk lembaga penegak hukum untuk saling bersinergi satu sama lain.
"Polri sebagai penyidik independen, Jaksa juga sebagai penuntut yang independen, dalam fungsi pengawasan yang bersifat horizontal, sama-sama saling mengawasi," pungkasnya.