Pembuatan terowongan baru dimulai pada Februari 1965. Namun karena kendala biaya, proyek terhenti dan baru dilanjutkan pada 1967. Selama proses pembuatan Terowongan Karangkates 1 dan 2, dibuat dengan alat sederhana saat itu dibantu ledakan terukur dengan dibor terlebih dahulu batunya. Hancuran ledakan digali, dan diangkut keluar secara manual dengan lori atau conveyor (roda mekanis berlantai angkut).
"Kendala utama pengalihan rute adalah harus menabrak atau menerobos bukit dengan solusi membuat dua buah terowongan sepanjang total 1,2 kilometer, dari keseluruhan 4 kilometer lintasan yang harus direlokasi. Permukaan dalam terowongan diberi cover atau selimut beton bertulang pre-cast penahan runtuh," terangnya.
Relokasi jalur kereta api beserta kedua terowongannya diresmikan oleh Menteri Pekerjaan Umum dan Tenaga Listrik serta Menteri Perhubungan pada 1 April 1970. Menariknya, dari catatan sejarah perkeretaapian yang dimilikinya, Terowongan Karangkates 1 sepanjang 850 meter dan Terowongan Karangkates 2 sepanjang 400 meter, merupakan terowongan kereta pertama yang dibuat pasca kemerdekaan.
"Terowongan Karangkates adalah terowongan kereta api yang dibangun setelah Indonesia merdeka, bisa dikatakan yang pertama dibuat setelah kemerdekaan," ungkap dia.