Dia mengaku membunuh Abe setelah melihat pesan video yang dikirim mantan pemimpin itu kepada sebuah kelompok yang berafiliasi dengan Gereja Unifikasi. Ia menambahkan bahwa tujuannya adalah untuk menyakiti gereja, yang dibencinya, dan mengungkap hubungannya dengan Abe, kata para penyelidik.
Jaksa menuntut hukuman penjara seumur hidup untuk Yamagami, sementara pengacaranya meminta hukuman tidak lebih dari 20 tahun, dengan alasan masa kecilnya sebagai anak dari seorang pengikut gereja. Hukum Jepang mengizinkan hukuman mati dalam kasus pembunuhan, tetapi jaksa biasanya tidak memintanya kecuali setidaknya dua orang terbunuh.
Terungkapnya hubungan erat antara Partai Demokrat Liberal yang berkuasa dan Gereja Unifikasi menyebabkan partai tersebut menarik diri dari gereja. Hal itu juga memicu penyelidikan yang berakhir dengan keputusan pengadilan yang mencabut status keagamaan bebas pajak cabang gereja Jepang dan memerintahkan pembubarannya. Gereja tersebut sejak itu mengajukan banding dan menunggu keputusan.
Pembunuhan itu juga menyebabkan Badan Kepolisian Nasional meningkatkan perlindungan polisi terhadap para pejabat tinggi.