Tahun 2005 menjadi awal PBSB dikenalkan kepada masyarakat dengan bermitra dua perguruan tinggi, yaitu UIN Syarif Hidyatullah Jakarta dan Institut Pertanian Bogor (IPB).
Sampai Tahun 2014 PBSB Kementerian Agama RI telah bekerjasama dengan 17 (tujuh belas) Perguruan Tinggi Mitra, dan seiring apresiasi, tanggapan, serta harapan masyarakat hingga tokoh nasional atas manfaatnya program ini menjadi unggulan hingga sekarang.
Pada 2014 Kementerian Agama telah menyalurkan beasiswa sebanyak 1923 santri PBSB dengan dua kategori. Pertama, berkategori reguler yaitu beasiswa S1 santri berpresatsi berkelanjutan selama delapan semester di berbagai program studi Teknologi maupun Sains, dan tambahan maksimal empat semester bagi studi profesi seperti Kedokteran, Kedokteran Hewan, Keperawatan, dan Farmasi.
"Kedua, bertujuan khusus yaitu beasiswa santri berpresatsi yang sedang menuntut ilmu S1 dan bersifat insentif tidak berkelanjutan pada perguruan tinggi berbasis pondok pesantren," tuturnya.
(Arief Setyadi )