Setelahnya Gus Yahya menempuh pendidikan di Fakultas Ilmu Sosial dan Ilmu Politik Universitas Gadjah Mada (FISIP UGM). Dia aktif di organisasi Himpunan Mahasiswa Islam (HMI) Cabang Yogyakarta.
Gus Yahya dikenal dekat dengan Presiden ke-4 RI Abdurrahman Wahid atau Gus Dur. Dia pernah menjabat Juru Bicara Presiden sewaktu Gus Dur berkuasa pada 1999-2001.
Gus Yahya juga pernah menjadi Anggota Dewan Pertimbangan Presiden (Wantimpres) pada 2014-2019.
(Qur'anul Hidayat)