Tempat ibadah ini direstorasi dan dikembalikan lagi ke fungsi lamanya serta diserahkan ke Gereja Ortodoks Serbia. Tetapi sebelum akhir dekade itu, Yugoslavia terpecah melalui serangkaian perang antaretnis yang brutal.
Kosovo mengalami konflik separatis tahun 1998-1999 di mana lebih dari 10 ribu orang, sebagian besar etnis Albania, tewas dan satu juta lainnya terusir dari rumah mereka.
Konflik ini akhirnya berujung pada pemisahan Kosovo dari Serbia, suatu langkah yang masih diperdebatkan oleh Beograd tetapi diakui oleh lebih dari 100 negara, termasuk Amerika Serikat (AS) dan sebagian besar negara Uni Eropa (UE).
Kurang dari separuh dari 230 ribu orang Serbia, populasinya sebelum perang Kosovo masih berada di wilayah itu setelah deklarasi kemerdekaan, berikut ratusan biara Gereja Ortodoks Serbia abad pertengahan yang terpencar di negara itu.
Serbia masih belum mengakui pernyataan kemerdekaan Kosovo tahun 2008 dan mempertahankan pengaruh kuat di daerah-daerah berpopulasi etnis Serbia, kebanyakan di bagian utara.
Serbia terus mengklaim Kosovo sebagai jantung negara mereka dan pertempuran tahun 1389 di sana, di mana mereka kalah dari Turki Ottoman, merupakan momen penting dalam sejarah kolektif mereka.
Perundingan pascakemerdekaan yang dimediasi Barat dan masih terus berlangsung ini mendorong pembentukan zona-zona perlindungan khusus di sekitar biara dan gereja Ortodoks Serbia di Kosovo.