Al-Qaeda bergabung dengan sejumlah organisasi militan Islam lainnya, termasuk Jihad Islam Mesir dan Kelompok Islam, dan pada beberapa kesempatan para pemimpinnya menyatakan perang suci melawan Amerika Serikat. Organisasi tersebut mendirikan kamp-kamp bagi militan Muslim dari seluruh dunia, melatih puluhan ribu orang dalam keterampilan paramiliter, dan agen-agennya terlibat dalam berbagai serangan teroris, termasuk penghancuran kedutaan besar AS di Nairobi, Kenya, dan Dar es Salaam, Tanzania (1998), dan serangan bom bunuh diri terhadap kapal perang AS Cole di Aden, Yaman (2000; lihat serangan USS Cole).
Pada tahun 2001, 19 militan yang terkait dengan al-Qaeda melancarkan serangan 11 September terhadap Amerika Serikat. Dalam beberapa minggu, pemerintah AS menanggapi dengan menyerang pasukan Taliban dan al-Qaeda di Afghanistan. Ribuan militan terbunuh atau ditangkap, di antaranya beberapa anggota kunci, termasuk militan yang diduga merencanakan dan mengatur serangan 11 September, dan sisanya beserta para pemimpin mereka terpaksa bersembunyi.
(Susi Susanti)