Kemudian, Fadli Zon pindah ke Jakarta dan melanjutkan pendidikan di SMA Negeri 31 Jakarta. Fadli belajar selama dua tahun di SMA Negeri 31, Jakarta Timur, sebelum akhirnya mendapat beasiswa dari AFS (American Field Service) ke San Antonio, Texas, Amerika Serikat dan lulus dengan predikat summa cum laude.
Pada tahun 1994, Fadli Zon terpilih menjadi Mahasiswa Berprestasi (Mawapres) I Universitas Indonesia dan Mahasiswa Berprestasi III tingkat Nasional dan memimpin delegasi mahasiswa Indonesia dalam ASEAN Varsities Debate IV (1994) di Malaysia.
Pada tahun 2002, ia mengenyam pendidikan di London School of Economics and Political Science (LSE) di bawah bimbingan John Harriss dan Robert Wade. Ia meraih gelar Master of Science (M.Sc) Development Studies dari The London School of Economics and Political Science (LSE) Inggris.
Pada tahun 2016, setelah menyelesaikan disertasi berjudul "Pemikiran Ekonomi Kerakyatan Mohammad Hatta 1926-1959" di bawah bimbingan Sejarawan dan mantan Direktur Sejarah, Departemen Kebudayaan dan Pariwisata (2001-2006), Prof. Susanto Zuhdi. Ia meraih gelar doktor ilmu sejarah dari Departemen Sejarah, Fakultas Ilmu Pengetahuan Budaya (FIB), Universitas Indonesia.
(Angkasa Yudhistira)