Masih banyak kontroversi yang membayangi Sang Penghukum ketika masih menjabat sebagai wali kota. Namun, terdapat satu insiden yang langsung menuai kritikan dari lembaga Komisi Hak Asasi Manusia (CHR), yaitu ketika ia memaksa seorang turis untuk menelan puntung rokok pada 2015.
Insiden itu terjadi akibat kebijakan keras antirokok dari Duterte di Kota Davao. Dilaporkan, turis tersebut merokok di sebuah bar dan menolak mematikan rokoknya ketika diminta staf bar tersebut. Duterte yang dihubungi pemilik bar langsung datang ke bar tersebut dan memaksa sang turis untuk menelan puntung rokoknya.
Kontroversi dari Duterte tidak berhenti ketika ia menjabat sebagai Presiden Filipina. Sebenarnya pada masa kampanye, Duterte sudah berjanji akan memimpin Filipina dengan tangan besi terkait kejahatan yang terus terjadi di sana, khususnya narkoba.
Ia menegaskan ingin mengembalikan eksekusi gantung sebagai hukuman untuk para gembong narkoba. Sebenarnya dari sini sudah mulai terlihat nasib dari para pengedar dan gembong narkoba di Filipina jika Duterte terpilih sebagai presiden. Ternyata ucapan-ucapan di kampanyenya tersebut bukan sesumbar saja. Pasalnya usai menghadiri pelantikan sebagai presiden, Duterte mengatakan pada para jurnalis di Manila agar warga Filipina membunuh para pecandu dan pengedar narkoba. Duterte juga meminta para militan dari Partai Komunis di Filipina, Bagong Hukbong Bayan, untuk melucuti dan menangkap para gembong narkoba.