Padahal, sebelumnya Letda Zakaria juga sudah menerima instruksi dari komandannya, Mayor Sambas Atmadinata, akan ada rombongan KA pemulangan tentara Jepang. Namun, Letda Zakaria keukeuh akan tugas pokoknya untuk tetap melakukan pemeriksaan pada setiap KA yang lewat Stasiun Bekasi.
Saat dilakukan penggeledahan, sebuah tembakan meletus dari pihak Jepang. Sontak masyarakat sekitar turut mengepung rangkaian KA. Puluhan tentara Jepang itu pun sempat ditahan di sebuah tempat di seberang Kali Bekasi.
Tapi kemudian entah atas perintah siapa, satu per satu mereka disembelih. Leher mereka digorok di tepi Kali Bekasi dan tubuhnya pun dilemparkan ke Kali Bekasi.
Mendengar kabar pembantaian ini, perwira Kaigun yakni Laksamana Tadashi Maeda berang dan minta penjelasan pemerintah republik. Tokoh militer Negeri Sakura yang “menyediakan” tempat bagi lahirnya teks proklamasi itu, tak terima atas insiden tersebut.