Meski begitu catatan hidupnya diselingi keterlibatan kontroversi Petisi 50, petisi yang berisikan protes penggunaan Pancasila terhadap lawan-lawan politik oleh Presiden Soeharto.
Setelah pensiun sebagai Kapolri, Hoegeng masuk dimasukkan daftar hitam sebagai figur yang berlawanan terhadap Soeharto. Hoegeng bahkan dilarang hadir dalam HUT Polri yang diperingati setiap 1 Juli.
Namun demikian sosok Hoegeng yang jujur dan bersih selama mengabdi kepada negara masih terekam di masyarakat. Bahkan sampai dibuat anekdot oleh Presiden RI keempat, KH Abdurrahman Wahid alias Gus Dur. Bahwa hanya ada tiga polisi di Indonesia yang tidak bisa disuap, patung polisi, polisi tidur, dan Hoegeng.