Dengan diresmikannya Pelabuhan Tanjung Priok pada 1886, kegiatan pelabuhan utama Batavia yang semula berada di Kali Ciliwung sekitar kasteel Batavia dialihkan ke Pelabuhan Tanjung Priok kemudian Pelabuhan Kali Ciliwung dikenal dengan nama Pelabuhan Pasar Ikan.
Pada tahun 1914 dimulai pembangunan Pelabuhan II. Pemborong bangunannya adalah Volker. Tahun 1917 pembangunan selesai dengan panjang kade pelabuhan 100 meter dan kedalaman air 9,5 meter LWS. Sedangkan, bendungan bagian luar diubah dan diperpanjang dengan lebar kade 15 meter untuk double spoor kereta api dan kran-kran listrik. Tahun 1917 dibangun juga tempat penyimpanan batubara oleh NISHM serta tempat penyediaan bahan bakar oleh BPM dan Shell.
Pelabuhan III mulai dibangun tahun 1921, tetapi terhenti akibat Malaise. Kemudian dilanjutkan kembali tahun 1929 dan selesai tahun 1932 dengan panjang kade 550 meter di sebelah barat.
Pada masa pendudukan Jepang, Pelabuhan Tanjung Priok dikuasai Djawa Unko Kaisya yang berada di bawah Kaigun (Angkatan Laut Jepang). Kondisi pelabuhan sebagian rusak, khususnya sengaja dirusak oleh Belanda yang menyerah kepada Jepang (7 Maret 1942).
Agar pelabuhan dapat dioperasikan, Jepang mengerahkan tenaga Romusha untuk memperbaiki pelabuhan seperti pengerukan alur, pembersihan alur dari ranjau-ranjau yang sengaja ditebarkan Belanda. Selain alur pelabuhan, banyak fasilitas lainnya yang rusak dan harus diperbaiki seperti gudang-gudang, dok, dermaga, dan jalan.