Jayakatwang mengirimkan pasukan yang jauh lebih besar ke Singasari. Sementara itu, sebagian besar kekuatan militer Singasari yang dipimpin Raden Wijaya belum kembali, pasukan Jayakatwang berhasil menduduki istana, bahkan Raja Kertanegara terbunuh.
Pasukan pimpinan Raden Wijaya tercerai-belai setelah mengetahui Singasari jatuh dan Kertanegara tewas. Bersama pengikut setia yang masih tersisa, Raden Wijaya melarikan diri ke dalam hutan rimba di sekitar aliran Sungai Brantas. Ia dibantu pengawalnya seperti Nambi, Kebo (Mahisa) Anabrang, Lembu Sora, dan Dharmaputra seperti Ra Kuti Ra Semi, Ra Tanca, Ra Wedeng,dll.
Raden Wijaya melarikan diri hendak berlindung ke Terung di sebelah utara Singhasari. Namun karena terus dikejar-kejar pasukan Kedori, lalu ia memilih pergi ke arah timur. Dengan bantuan kepala desa Kudadu, ia berhasil menyeberangi Selat Madura untuk bertemu Arya Wiraraja penguasa Songeneb (nama lama Sumenep).
Bersama Arya Wiraraja, Raden Wijaya merencanakan siasat untuk merebut kembali takhta dari tangan Jayakatwang. Wijaya berjanji, jika ia berhasil mengalahkan Jayakatwang, maka daerah kekuasaannya akan dibagi dua untuk dirinya dan Wiraraja.
Awalnya Wiraraja menyampaikan berita kepada Jayakatwang bahwa Wijaya menyatakan menyerah kalah. Jayakatwang yang telah membangun kembali negeri leluhurnya, yaitu kerajaan Kadiri menerimanya . Ia mengirim utusan untuk menjemput Wijaya di pelabuhan Jungbiru.
Raden Wijaya meminta Hutan Tarik di sebelah timur Kadiri untuk dibangun sebagai kawasan wisata perburuan. Wijaya mengaku ingin bermukim di sana. Jayakatwang yang gemar berburu segera mengabulkannya tanpa curiga.
Wiraraja mengirim orang-orang Songeneb untuk membantu Wijaya membuka hutan tersebut. Di Kidung Panji Wijayakrama, salah seorang Madura menemukan buah maja yang rasanya pahit. Oleh karena itu, desa pemukiman yang didirikan Wijaya tersebut diberi nama Majapahit.
Catatan dinasti Yuan mengisahkan, pada tahun 1293 pasukan Mingol sebanyak 20.000 orang dipimpin ike Mase mendarat di pulau Jawa untuk menghukum Kertanegara, karena pada tahun 1289 Kertanagara telah melukai utusan yang dikirim Kubhilai Khan, raja Mongol.
Raden Wijaya memanfaatkan pasukan Mongol untuk menghancurkan Jayakatwang. Ia mengajak Ike Mese untuk bekerjasama. Wijaya meminta bantuan untuk merebut kembali kekuasaan Pulau Jawa dari tangan Jayakatwang, dan setelah itu baru ia bersedia menyatakan tunduk kepada bangsa Mongol.
Jayakatwang yang mendengar persekutuan Wijaya dan Ike Mese segera mengirim pasukan Kadiri untuk menghancurkan mereka. Namun pasukan itu justru berhasil dikalahkan oleh pihak Mongol.