Urip yang bekas perwira KNIL menyandang pangkat Letnan Jendral. Wilayah Jawa dibaginya menjadi 10 divisi dan disusun menjadi 3 komandemen. Yakni Komandemen Jawa Barat di bawah pimpinan Mayjen Didi Kartasasmita. Jawa Tengah di bawah pimpinan Mayjen Suratman dan Jawa Timur di bawah komando Mayjen Muhammad.
Sementara Sudirman diangkat sebagai Panglima Divisi V dengan wilayah Karsidenan Banyumas dan Kedu. Sudirman yang berpangkat Kolonel memimpin langsung pertempuran di Magelang dan Ambarawa. Sekutu yang diboncengi Belanda yang masuk Indonesia melalui Semarang, berhasil diusir paksa.
Pada 12 Nopember 1945 TKR menggelar Konfrensi Besar di Yogyakarta. Konfrensi Besar bertujuan menata tubuh ketentaraan. Di saat itu Pemerintahan Soekarno hanya memiliki Kepala Staf Umum, tapi belum memiliki Kementrian Pertahanan dan Panglima Besar. Di Konferensi Besar yang dipimpin Kepala Staf Umum Letnan Jendral Urip Sumohardjo hadir hampir semua komandan resimen dan panglima divisi.
Termasuk Komandan Divisi V Kolonel Sudirman, juga hadir. Di Konferensi Besar yang tidak banyak diketahui orang. Kolonel Sudirman berusia 30 tahun terpilih sebagai Panglima Besar. Sudirman yang berlatar belakang tentara PETA, menang tipis atas Letnan Jendral Urip Sumohardjo yang berusia 52 tahun, dan bekas perwira KNIL. Pemilihan berlangsung terbuka dan bebas.
Banyak faktor yang menyokong kemenangan Sudirman. Diantaranya keberhasilan Sudirman menguasai penyerahan senjata Jepang di Karsidenan Banyumas dan menjadi satu-satunya yang terbesar di Jawa Tengah. Kemudian prestasi memimpin pengusiran tentara sekutu dan Belanda dalam pertempuran sengit di Semarang dan Magelang.
Di luar keunggulan memimpin pertempuran, Sudirman memiliki mutu pribadi yang luar biasa. "Ia adalah seorang yang mampu menggabungkan dalam dirinya sendiri keprihatinan yang tenang dengan kesalehan yang tulus serta mawas diri. Kelemahlembutan dan keramahannya membuat ia berhasil disenangi hampir setiap orang yang ditemuinya," tulis Ben Andersen dalam "Revoloesi Pemoeda, Pendudukan Jepang dan Perlawanan di Jawa 1944-1946".