John Lie baru berpisah dengan The Outlaw pada 30 September 1949. Sehari pada pelayaran perdana dengan kapten baru, Kapten Laut Kusno, The Outlaw malah dikabarkan ditangkap Belanda.
Setelah sempat ditugaskan di Pos Hubungan Luar Negeri di Bangkok, Thailand, John Lie dipanggil kembali ke Indonesia untuk berbagai misi militer. Seperti pemberantasan Darul Islam/Tentara Islam Indonesia (DI/TII), Republik Maluku Selatan (RMS), hingga Pemerintahan Revolusioner Republik Indonesia/Perdjuangan Semesta (PRRI/Permesta).
Baru pada Desember 1966, John Lie pensiun dengan dua bintang di tanda pangkatnya (Laksamana Muda). Dia juga mengubah namanya jadi Jahja Daniel Dharma dan baru menikah di usia 45 tahun dengan Margaretha Dharma Angkuw.