Prabowo adalah salah satu tokoh legendaris Kopassus. Pangkat terakhir di korps baret ini sebagai Letjen. Dia juga pernah menjadi Komandan Jenderal (Danjen) Kopassus.
Sepak terjang Prabowo tak bisa dianggap enteng. Ia pernah ditugaskan menjadi Komandan Pleton Group I sebagai bagian dari operasi Tim Nanggala di Timor Leste (dulu Timor Timur) di usianya yang baru 26 tahun.
Di usianya yang terbilang muda, Prabowo dan pasukannya mendapat perintah untuk menangkap Nicolau dos Reis Lobato, Perdana Menteri pertama Timor Timur.
Kecekatan dalam melakukan pendekatan dengan keluarga Nicolao membuat Prabowo bisa mendeteksi keberadaan Nicolau di wilayah Maubisse sekitar 50 km dari selatan Dili. Dalam operasi tersebut, Nicolau tewas ditembak di lembah Mindelo pada akhir Desember 1978.
Prabowo juga berhasil menangkap Letkol Xanana Gusmao. Hingga akhirnya ia dipercaya sebagai Wakil Komandan Detasemen 81 Penanggulangan Teror (Gultor) Kopassus pada 1983.