Sementara menurut dokumen rahasia AS yang ditandatangai Green, terungkap bahwa merekalah pihak yang bertanggung jawab dalam memberikan daftar maut CIA tersebut kepada intelijen Indonesia dalam bulan-bulan Desember 1965. Menurut pengakuan mantan pejabat CIA Ralph McGehee, pengumpulan daftar maut CIA dilakukan sejak 1963. Dimulai dari melatih sejumlah aktivis buruh dalam Sentral Organisasi Seluruh Karyawan Indonesia (SOKSI) bentukan militer.
Para aktivis buruh ini yang menyusun daftar nama dan simpatisan penting Sentral Organisasi Buruh Seluruh Indonesia (SOBSI) yang dekat dengan PKI. Hal yang sama dilakukan kepolisian RI terhadap anggota dan simpatisan penting PKI. Cara mengumpulkan daftar pengurus PKI dan simpatisannya ini telah dilakukan AS di Vietnam Selatan, Guatemala dan Irak. Di Indonesia, daftar ini dibuat hingga tahun 1965 dan sangat membantu militer dalam menghancurkan PKI.
Dalam praktiknya, perburuan dan pembantaian anggota PKI dan yang disangka PKI, serta seluruh organisasi kiri, tidak hanya dilakukan oleh militer. Tetapi juga oleh kelompok-kelompok agama, dan partai politik, serta pendukungnya. Kelompok-kelompok itu kemudian disatukan ke dalam sebuah badan Gerakan Kontra Revolusi 30 September (KAP-Gestapu) yang di dalamnya ada NU, PSII, Partai Katolik, IPKI, dan organisasi-organisasi massa mereka masing-masing.
Selain kelompok yang tergabung dalam KAP-Gestapu, ada juga kelompok lain dari Perti, PNI, Muhammadiyah, dan mereka yang dikontrol oleh IPKI seperti pemuda Protestan, dan Pemuda Pancasila. Sisa-sisa PSI dan Masyumi pun termasuk. Dalam otobiografinya, Soeharto mengakui bahwa pihaknya lah yang telah memberikan bantuan senjata kepada rakyat untuk melindungi dirinya sendiri dan membersihkan daerahnya masing-masing dari apa yang disebut benih-benih jahat.
"Saya tidak mau melibatkan AD secara langsung dalam pertentangan-pertentangan itu, kecuali pada saat-saat yang tepat dan terpaksa," jelasnya, seperti dikutip dalam buku Soeharto, Pikiran, Ucapan, dan Tindakan Saya, halaman 136.