Setelah tertangkap, Amangkurat I pun menyuruh Adipati Anom untuk membunuh Rara Oyi dengan tangannya sendiri, sehingga dia dimaafkan dan tetap menjadi putranya.
Walaupun sakit hatinya, tetapi Adipati Anom tetap menuruti perintah ayahnya. Dia membawa belahan jiwanya itu kepangkuannya, lalu menusukan keris hingga Rara Oyi meninggal.
Jasad Roro Oyi disemayamkan di Pemakaman Banyusumurup, Bantul yaitu pemakaman untuk orang meninggal atau dibunuh karena tidak mematuhi aturan kerajaan Mataram.
(Fahmi Firdaus )