3. Perbedaan Ideologi dan Tujuan
Brigade Martir Al-Aqsa memiliki ideologi, didasarkan pada nasionalisme sekuler Palestina dan bukan fundamentalisme Islam. Sedangkan Brigade Izzuddin Al-Qassam didasarkan pada ideologi fundamentalisme Islam dan nasionalisme gerakan perjuangan rakyat Palestina. Ideologi ini bertujuan untuk melawan kependudukan Israel dan memperjuangan hak dan kemanusiaan Palestina.
4. Wilayah Operasi Militer
Al-Qassam mengoperasikan beberapa sel di Tepi Barat, dan menyusul sejumlah operasi Pasukan Pertahanan Israel di Gaza. Hamas tetap mempertahankan kehadirannya di Jalur Gaza sebagai benteng pertahanannya.
Sedangkan Al-Aqsa adalah penguasa wilayah Tepi Barat. Pada awalnya kelompok tersebut tidak melakukan serangan di luar Tepi Barat. Setelah kematian Yasser Badawi; pendiri dan pemimpin brigade pada Agustus 2001, kelompok tersebut mulai menyerang warga sipil di Israel.