Saat melihat hal tersebut, Sunan Giri mengatakan, bahwa tubuhnya harus ditikam dengan pedang, kemudian dibakar. Dalam sekejap mata, tubuh Syekh Siti Jenar hilang dan darahnya pun sirna.
Jenazah Siti Jenar disemayamkan di Masjid Demak. Pada saat menjelang salat Isya, seketika bau wangi menyeruak dan bunga-bunga serta cahaya terpancar dari jenazah Siti Jenar. Bau tersebut seperti bau bunga kasturi.
Karena baunya sangat menyengat, Syekh Malaya membuka Jenazah Syekh Siti Jenar, beliau terkejut saat melihat wajah dan jenazah Syekh Siti Jenar yang memancarkan cahaya yang sangat terang, lalu muncul pelangi memenuhi ruangan masjid. Hal tersebut diceritakan di Sulukh Syekh Siti Jenar.