Dalam tugasnya saat pertemuan Dubes se-Asia Pasifik, Hartono dipanggil kembali ke Indonesia. Namun, tak lama kemudian Hartono ditemukan meninggal dunia dengan luka tembakan pada bagian kepalanya. Bersamaan dengan itu, ditemukan pistol dengan peredam di sampingnya.
Menurut pemerintahan Orde Baru, Hartono dinyatakan tewas akibat bunuh diri. Namun banyak sekali kejanggalan yang belum terungkap dari wafatnya Jenderal KKO itu. Letjen KKO Hartono dimakamkan di Kalibata pada tanggal 7 Januari 1971.
Namun hal tersebut disangsikan kebenarannya oleh mantan Gubernur DKI Jakarta Letjen KKO (Purn) Ali Sadikin dan mantan Wakasal Laksamana Madya Rachmat Sumengkar.
“Saya temukan Hartono terduduk di kursi dengan darah membasahi bagian belakang kepala. Di sampingnya kaca jendela pecah berantakan kena tembakan…” demikian pengakuan Nyonya Prawirosoetarto seperti ditulis Julius Pour.
(Salman Mardira)