Pada Februari 2022, Roy Suryo melaporkan Menteri Agama Yaqut Cholil Qoumas atas dugaan penistaan agama setelah ia memotong video pidato Yaqut tentang toa masjid dan menyebarkannya di media sosial. Namun laporan ditolak oleh pihak berwenang, dan Roy dilaporkan balik terkait UU ITE.
Kontroversi Roy Suryo paling baru dan paling heboh adalah perannya dalam kasus tuduhan ijazah palsu Presiden Joko Widodo. Pada 7 November 2025, Polda Metro Jaya menetapkan Roy Suryo sebagai salah satu dari delapan tersangka dalam perkara tersebut yang terbagi dalam dua klaster. Tanggal 13 November 2025, Roy Suryo cs sambangi Polda Metro Jaya untuk diperiksa sebagai tersangka di kasus ijazah Jokowi.
(Fahmi Firdaus )