4. Operasi Mapenduma (1996)
Operasi Pembebasan Sandera Mapenduma adalah operasi militer untuk membebaskan peneliti dari Ekspedisi Lorentz 95 yang disandera Organisasi Papua Merdeka (OPM). Operasi ini sebagian besar anggotanya berasal dari Kopassus.
Operasi yang dimulai pada 8 Januari 1996 itu dipimpin Komandan Kopassus Mayjen TNI Prabowo Subianto. Operasi berakhir 9 Mei 1996 setelah penyerbuan Kopassus ke markas OPM di Desa Geselama, Mimika. Dalam penyerbuan ini, 2 dari 11 sandera ditemukan tewas.
5. Operasi Pembebasan Sandera Kapal Sinar Kudus (Somalia)
Bisa dikatakan ini Operasi Senyap karena berstatus sangat rahasia sekali. Saat itu Presiden SBY tidak mau membeberkan rencana operasi tersebut. Pasukan operasi terdiri dari Kopaska, Denjaka Korps Marinir, Sandi Yudha Kopasus, Kostrad dengan Alutsista dua KRI, satu helikopter BO-105 dan empat Sea Raider. Kemudian awak TNI AU dengan kru 16 personel.
6. Operasi Trikora (1962)
Operasi Trikora (Tri Komando Rakyat) adalah konflik 2 tahun yang dilancarkan Indonesia untuk menggabungkan wilayah Papua bagian barat.
Pada 19 Desember 1961, Presiden Soekarno mengumumkan pelaksanaan Trikora di Alun-alun Utara Yogyakarta. Soekarno juga membentuk Komando Mandala. Mayjen TNI Suharto diangkat sebagai panglima.
Tugas komando ini adalah merencanakan, mempersiapkan, dan menyelenggarakan operasi militer untuk menggabungkan Papua bagian barat dengan Indonesia.