Hoegeng tetap ditahan dan baru dilepas tiga pekan kemudian, ketika perjanjian gencatan senjata terjadi. Hoegeng kemudian sedianya ingin kembali ke Yogyakarta, lantaran SPN dipindah ke sana. Tapi perjalannya harus lebih dulu “memutar” ke Jakarta dengan kereta api.
Di Jakarta itulah Hoegeng bertemu pembimbingnya, Soemarto Soekardjo yang kala itu sudah menjabat Wakapolri. Hoegeng diminta membantunya, kendati Hoegeng harus izin lebih dulu Kapolri R.S. Soekanto, lantaran statusnya yang masih siswa SPN.
Tapi izin akhirnya diberikan dan Hoegeng segera ditugaskan mengawasi kondisi para pejuang yang jadi tahanan Belanda. Sekaligus sebagai Liaison Officer (perwira penghubung).
Hoegeng bisa bertemu sejumlah petinggi militer, sebagai “jembatan” antara Kepolisian dengan tentara, di antaranya Panglima Besar Jenderal Soedirman, Letjen Oerip Soemohardjo, KSAU Komodor Soerjadi Soerjadarma, serta KSAL Komodor M. Nazir dari tugasnya itu.
Hoegeng juga punya sedikit andil bersama elemen kepolisian saat meletus “Madiun Affair” (Pemberontakan PKI Madiun 1948), serta ketika Agresi Militer Belanda II dilancarkan pada 19 Desember 1948 dengan sasaran Yogyakarta sebagai Ibu Kota RI kala itu.
Pada saat agresi besar itu, kebetulan Hoegeng tengah berada di Yogyakarta, lantaran ibu mertuanya wafat. Ketika agresi dilancarkan Belanda dan sejumlah elemen militer menyingkir dari pusat kota, Hoegeng tetap di Yogyakarta.
Oleh pimpinan Polri, Hoegeng dipercayakan tugas mengumpulkan data informasi dan intelijen yang diperlukan TNI, di bawah koordinasi Soekarno Djojonegoro.