Munarman sempat disebut terlibat sebagai tokoh Hizbut Tahrir Indonesia (HTI) pada tahun 2006. Sehingga pada Juni 2006, Munarman dipecat sebagai Ketua Dewan Pengurus YLBHI Indonesia. Namun dirinya melawan dan berjanji tidak akan mundur.
Selanjutnya, pada bulan April 2008 Munarman menjabat sebagai Ketua dari An Nashr Institut. Dan pada Januari 2013, Munarman dicalonkan oleh Suryadharma Ali, Ketua Umum PPP sebagai kandidat legislatif.
Baca juga: Geledah Eks Markas FPI, Densus Temukan Serbuk dan Cairan Bahan Peledak
Tidak hanya itu, Munarman juga kerap menjadi sorotan dengan beberapa kontroversi yang pernah dia lakukan. Diantaranya:
September 2007, Munarman pernah ditahan di Polsek Metro Limo, Depok dan menjadi tersangka kasus perampasan kunci kontak, SIM dan STNK sopir taksi Blue Bird dengan pasal 335 KUHP tentang perbuatan yang tidak menyenangkan, dan pasal 368 KUHP tentang perampasan.