Armada gugus 4 mempunyai tugas menjaga Selat Malaka, dan Kepulauan Natuna yang dipimpin seorang laksamana dari Jawa Barat. Sedangkan Armada Gugus 5 memiliki kewenangan menjaga Laut Jawa, sampai ke arah timur hingga kepulauan rempah-rempah Maluku. Armada ini dipimpin laksamana dari Jawa Timur.
Kapal bendera ditempatkan di setiap armada gugus kapal perang Majapahit. Kapal bendera menjadi tempat kedudukan pimpinan komando tertinggi bagi semua kapal penyerang, kapal perbekalan, dan pelindung kapal bendera.
Kapal Majapahit Penguasa Lautan Saat awal dipimpin Mpu Nala, Angkatan Laut Kerajaan Majapahit menggunakan kapal-kapal perang bekas tentara Mongol, yang dikirim oleh Kubilai Khan untuk menaklukkan Jawa, pada saat pemerintahan Kertanegara. Kehadiran Laksamana Nala sebagai panglima angkatan laut Kerajaan Majapahit, barawal dari kesadaran Gajah Mada untuk meminta bantuannya.
Gajah Mada yang telah mengucapkan Sumpah Palapa, menyadari tidak mungkin dapat mewujudkan sumpahnya menguasai Nusantara, hanya mengandalkan jalur darat. Kala sumpah Amukti Palapa diucapkan sang Mahapatih Kerajaan Majapahit, Pulau Bali, Sumatera, Kalimantan, Sulawesi, dan Tumasik (Singapura) belum berada di bawah panji kekuasaan Majapahit.
Gajah Mada membutuhkan armada laut yang kuat, untuk menyatukan pulau-pulau tersebut melalui ekspedisi maritim. Kekuatan angkatan laut Kerajaan Majapahit kala itu masih sangat lemah.
Gajah Mada memberanikan diri meminta bantuan dari Laksamana Nala untuk memperkuat angkatan laut Kerajaan Majapahit. Penguatan angkatan laut ini dilakukan dari sisi kualitas dan kesejahteraan prajurit, serta kualitas kapal perangnya.