Sebelum Coen meninggal, dia mengucapkan pesan kepada istrinya yang sudah satu jam duduk disamping suaminya.
Pada tanggal 25 September mayat tuan Jenderal Coen dimakamkan dengan hormat dan dikuburkan di dalam balai kota, karena gereja dibakar ketika serangan Sultan Agung Mataram (1628).
Sementara pada tanggal 24 bulan itu, tuan Jacques Specx diangkat sebagai pengganti Coen dalam pemerintahan. Gereja yang yang dibakar terletak di bagian selatan kota Batavia yang dihancurkan Belanda sendiri. Tujuannya untuk memperoleh ruang tembak bagi meriam dan senapan.
"Jadi bukan gereja Belanda (kruiskerk) di sebelah barat halaman di mukan balai kota (kini museum sejarah Jakarta ) yang baru dibangun pada tahun 1632.,"tulis Heuken.
Mayat Coen dipindahkan ke gereja ini pada tahun 1634, yakni lima tahun sesudah kematiannya. Tempat peringatan kematiannya di halaman museum wayang sekarang. Nama J.P Coen begitu melenda karena melekat dengan sejarah kota Batavia atau Sunda Kalapa.
(Fahmi Firdaus )