Romo Magnis mengisi masa mudanya dengan mendalami kerohanian di Neuhausen. Kemudian pada 1957-1960, ia mendalami studi filsafat di Philosophische Hochschule, Pullach, dekat kota Munchen.
Pada 1959, ia mendapat gelar akademik Bakalaureat dalam filsafat, dan setahun kemudian pada 1960 meraih Lizentiat juga dalam bidang filsafat.
Pada 1961, di usianya yang ke 25 tahun, ia dikirim ke Indonesia untuk mengenyam pendidikan di bidang filsafat dan teologi. Ia tinggal di Yogyakarta dan mempelajari Bahasa Jawa dan Kebudayaan Jawa. Ia menjadi fasih berbahasa Jawa.
Pada 1967, ia diangkat menjadi imam (pastor) dan prosesi pentahbisannya dihadiri oleh kedua orang tuanya yang datang dari Jerman. Kemudian ia mendapat kewarganegaraan Indonesia, pada 1977.