Sejak remaja, Anies aktif di Organisasi Intra Sekolah (OSIS) dan memiliki jabatan pengurus bidang Hubungan Masyarakat. Setelah lulus SMP, Anies melanjutkan studinya di SMA Negeri 2 Yogyakarta dan pernah terpilih menjadi wakil ketua OSIS. Bahkan, Anies juga terpilih menjadi Ketua OSIS seluruh Indonesia pada tahun 1985.
Lalu pada 1987 Anies terpilih mengikuti program pertukaran pelajar AFS dan tinggal selama setahun di Milwaukee, Wisconsin, Amerika Serikat. Karena program tersebut, Anies harus menempuh SMA selama empat tahun.
Pada 1989 Anies masuk perguruan tinggi dan diterima di Fakultas Ekonomi, Universitas Gadjah Mada, Yogyakarta. Anies tetap aktif berorganisasi dengan bergabung Himpunan Mahasiswa Islam (HMI) dan menjadi salah satu Majelis Penyelamat Organisasi Himpunan Mahasiswa Islam Universitas Gadjah Mada (UGM).
Anies Baswedan juga pernah mendapat beasiswa dari Japan Airlines Foundation untuk mengikuti program kuliah musim panas di Universitas Sophia, Tokyo dalam bidang kajian Asia pada tahun 1993. Beasiswa tersebut didapatkan setelah Anies memenangkan lomba menulis bertemakan lingkungan. Hingga akhirnya Anies lulus dari UGM pada tahun 1995. Setelah lulus kuliah, Anies bekerja di Pusat Antar Universitas Studi Ekonomi Universitas Gadjah Mada.
Pada 11 Mei 1996 Anies menikah dengan Hj. Fery Farhati Ganis. Istrinya merupakan akademisi yang menjabat sebagai Ketua Pemberdayaan Kesejahteraan Keluarga DKI Jakarta sejak tanggal 16 Oktober 2017. Anies dan Fery Farhati dikaruniai empat orang anak, yaitu bernama Mutiara Annisa Baswedan, Mikail Azizi Baswedan, Kaisar Hakam Baswedan, dan Ismail Hakim Baswedan.