Akan tetapi, Semaoen akhirnya kembali ke tanah air saat Indonesia telah merdeka. Tepatnya pada 1957 saat Bung Karno melakukan kunjungan pertama kali ke Uni Soviet. Sepulangnya ke Indonesia, hubungan Semaoen dengan PKI telah terputus.
Kemudian pada 1959, Semaoen diberi amanah menjadi wakil ketua Badan Pengawas Kegiatan Wakil Aparatur Negara oleh Bung Karno. Dan pada 1961, Semaoen mendapat gelar doktor honoris causa (HC) dalam ilmu ekonomi dari Universitas Padjajaran Bandung dan menjadi pengajar disana.
Semaoen meninggal pada 7 April 1971 pada usia 72 tahun. Dirinya kemudian dimakamkan pemakaman keluarga R.A Prawiraatmadja, Pasuruan, Jawa Timur.
(Puteranegara Batubara)