Menurut Laporan dari Amnesty International dan Persatuan Bangsa-Bangsa (PBB), kondisi di Sednaya sangat mengerikan. Para tahanan disiksa dengan cara yang kejam, termasuk pemukulan, pelecehan seksual, dan penghinaan fisik lainnya. Banyak yang meninggal akibat luka atau penyakit yang tidak diobati. Para tahanan hidup dalam sel yang sesak dan kotor, dengan sedikit akses ke makanan, air, atau fasilitas sanitasi.
Setiap pagi, penjaga mengumpulkan mayat para tahanan yang meninggal dalam semalam dan membawanya ke rumah sakit militer. Di sana, kematian mereka dicatat sebagai gagal jantung atau pernapasan. Setelah itu, mayat-mayat tersebut diangkut dengan truk ke kuburan massal di luar Damaskus.
Berdasarkan laporan Amnesty yang mengutip mantan pejabat, para tahanan di Sednaya sering disiksa untuk memberikan pengakuan. Setelah itu, mereka dibawa ke pengadilan lapangan militer. Mereka dijatuhi hukuman setelah persidangan singkat yang hanya berlangsung dua atau tiga menit.
Setiap minggu, bahkan dua kali seminggu, penjaga menarik kelompok tahanan yang terdiri dari hingga 50 orang dari sel mereka, mengklaim mereka akan dipindahkan ke penjara sipil.
Namun, mereka malah dibutakan matanya, dipukuli dengan keras di ruang bawah tanah, lalu dibawa ke gedung lain untuk digantung pada tengah malam.
Sebuah eksekusi massal yang disebut oleh petugas penjara sebagai "pesta". Diperkirakan antara 5.000 hingga 13.000 orang tewas di Sednaya dari tahun 2011 hingga 2015, dengan banyak dari mereka dieksekusi tanpa proses pengadilan yang sah.