Sebelum penyidikan dimulai, penyidik Polri mengeluarkan Surat Pemberitahuan Dimulainya Penyidikan (SPDP) sebagai alat kontrol, jika penyidikan berlangsung terlalu lama, jaksa memiliki hak untuk menegur penyidik.
Kendati jarang terjadi, jaksa juga berhak mengajukan praperadilan jika ada masalah dalam proses penyidikan. "Walaupun belum pernah terjadi, tapi ketentuan ini diatur di KUHAP, bahwa antara jaksa dan penyidik Polri bisa saling menggugat,” tuturnya.
Gayus menilai praktek di lapangan yang terlihat proses hukum yang berjalan sering kali bolak-balik antara Polri dan Kejaksaan kurang efisien. Sebab itu, ia setuju dengan ide agar Kejaksaan dapat menangani perkara pidana secara langsung sendiri.
Namun, Gayus juga mengakui bahwa jika Kejaksaan diberi kewenangan penuh dalam menangani perkara, potensi masalah transparansi dan akuntabilitas bisa muncul. Meski demikian, mekanisme pengawasan melalui Jaksa Muda Pengawasan (Jamwas) bisa menjadi solusi untuk memastikan bahwa penanganan perkara tetap sesuai dengan prinsip-prinsip yang transparan dan akuntabel.
"Tapi kalau dari sisi efisiensi jelas akan lebih efiensi jaksa menangani sendiri. Satu perkara tidak perlu bolak-balik dari kepolisian ke jaksa berkali-kali. Ini pandangan saya,” ujarnya.