Ketentuan lebih lanjut mengenai struktur badan ini akan diatur dalam Peraturan Pemerintah. Struktur sekretariat dan personel pelaksana badan juga dapat ditata ulang sesuai kebutuhan dan dinamika di lapangan.
"Jadi yang berkantor di Papua adalah kesekretariatan dan personalia pelaksana dari Badan Khusus yang diketuai oleh Wakil Presiden. Sebagai Ketua Badan Khusus, apabila Wakil Presiden dan para menteri anggota badan itu sedang berada di Papua, tentu mereka dapat berkantor di sekretariat tersebut. Jadi, bukan Wakil Presiden yang akan menetap atau pindah kantor ke Papua," tegasnya.
Yusril menambahkan, Wakil Presiden memiliki tugas-tugas konstitusional yang diatur oleh UUD 1945, sehingga kedudukannya berada di Ibu Kota Negara, mengikuti tempat kedudukan Presiden.
"Secara konstitusional, tempat kedudukan Presiden dan Wakil Presiden tidak mungkin terpisah. Tidak mungkin Wakil Presiden akan pindah kantor ke Papua sebagaimana diberitakan oleh beberapa media," ujarnya.