Jenazahnya kemudian dibawa ke Indonesia dan dimakamkan di Taman Makam Pahlawan (TMP) Kalibata, Jakarta Selatan. Pada hari yang sama di mana Usman dan Harun digantung untuk kejayaan bangsa ini.
Pihak Singapura berpendapat Usman Harun merupakan tokoh yang ditangkap dan dihukum gantung oleh Pemerintah Singapura atas tuduhan melakukan pengeboman di sekitar MacDonald House di Orchard Road, Singapura pada 10 Maret 1965.
Akar permasalahan bermula pada pada 31 Agustus 1957 saat berdirinya negara Persemakmuran Malaya. Saat itu, negara Malaysia berpeluang untuk memperluas wilayahnya karena pada saat bersamaan, Singapura ingin bergabung dalam persemakmuran, namun ditolak oleh Inggris.
Kemudian pada 16 September 1963 dibentuk federasi baru bernama Malaysia yang merupakan negara gabungan Singapura, Kalimantan Utara (Sabah), dan Sarawak.