Ia menambahkan, aparat penegak hukum telah memiliki waktu yang cukup untuk mengumpulkan alat bukti sebelum perkara dilimpahkan ke pengadilan. Karena itu, apabila setelah seluruh alat bukti diuji dakwaan tetap tidak terbukti, proses hukum seharusnya berakhir.
"Bukankah polisi dan jaksa diberi waktu yang full untuk melakukan pengumpulan bukti-bukti kalau sudah diuji itu ternyata tidak terbukti? Habislah itu. Padahal, proses pengadilan itu haknya tersangka itu hanya proses yang singkat," ujarnya.
Mudzakkir juga menyoroti praktik kasasi jaksa terhadap putusan bebas yang menurut pengalamannya hampir selalu dikabulkan Mahkamah Agung. Kondisi tersebut dinilai menimbulkan persoalan hukum karena putusan bebas dapat berubah hanya berdasarkan argumentasi tanpa adanya alat bukti baru.
"Pengalaman saya menghadapi putusan bebas yang kemudian diajukan kasasi, hampir semuanya dikabulkan," ujarnya.
"Ini menjadi persoalan karena putusan bebas yang didasarkan pada pembuktian negatif tiba-tiba berubah hanya berdasarkan argumentasi, tanpa ada bukti baru yang menegasikan putusan bebas tersebut," imbuhnya.
Mudzakkir turut mengkritik sistem hukum pidana nasional yang dinilai belum sepenuhnya terintegrasi. Menurutnya, seluruh perkara pidana harus mengikuti ketentuan KUHAP sebagai hukum acara yang bersifat umum agar persoalan serupa tidak terus berulang.