Selama berada di Yogyakarta, Aidit menaruh harapan besar Presiden Soekarno bisa memulihkan situasi. Ia menulis selembar surat yang kemudian dikirimkan kepada Bung Karno.
“Mengusulkan kepada Presiden untuk menyamakan Gerakan 30 September itu dengan Dewan Jenderal. Mempercayakan pemulihan keamanan kepada Front Nasional yang dikuasai oleh mereka yang pro Soekarno dan PKI. Dan mengizinkan organisasi politik, organisasi massa, pers dan radio melanjutkan operasinya seperti pada waktu sebelum terjadinya Gerakan 30 September,” demikian dikutip dari buku The Communist Collapse in Indonesia (1969).
Surat DN Aidit kepada Soekarno itu ditemukan mahasiswa saat menggeledah markas besar PKI. Kelak surat itu muncul dalam persidangan bekas Waperdam dan sekaligus Kepala Badan Pusat Intelijen (BPI) Dr Soebandrio.