"Atas perintah eksplisit terdakwa, orang-orang Guzmán menculik saingannya dan membawa mereka kepadanya, seringkali dalam keadaan terikat dan tidak berdaya, dan terdakwa kemudian secara pribadi menginterogasi saingan tersebut,” terang jaksa penuntut AS.
Pada 2010, preman El Chapo membagikan video pembunuhan saingan narkoba Israel Rincon Martinez setelah dia menargetkan Iván Archivaldo Guzmán (salah satu putra El Chapo).
Pada tahun yang sama, anak buahnya difilmkan memotong wajah seorang pria setelah El Chapo secara pribadi memenggalnya dengan gergaji mesin.
Sebagai peringatan kepada saingan Kartel Juárez, El Chapo menempelkan kulit pria yang terbunuh itu ke bola dan meninggalkannya di depan kantor dewan negara bagian.
Pada Mei 2008 putranya yang berusia 22 tahun Édgar Guzmán López, yang dikenal sebagai El Chapito, tewas dalam baku tembak.
Sebagai tanggapan, El Chapo mengamuk, mengakibatkan kematian hampir 400 orang termasuk setidaknya 20 agen penegak hukum.
Dia juga dituduh melakukan pelecehan seksual terhadap gadis di bawah umur, yang dia gambarkan sebagai "vitamin" menurut seorang saksi yang dikutip selama persidangan yang akhirnya membuatnya dikurung.